הסוכנות עומדת בפני אתגרים עצומים בבואה לספק את שירותי הבריאות שלה, ובכלל זה:

- גישה לשירותי בריאות
- הגנה על קורבנות האלימות
נגישות לשירותי בריאות
במקומות שבהם אונר"א פועלת, קשה במיוחד להבטיח את זכות הגישה לשירותי בריאות, בשל המאבק האלים, בשל הגבלות התנועה ובשל האישורים שדורשות הממשלות המארחות.
לאונר"א יש היום 137 מרכזי בריאות בכל אזורי הפעולה שלה. מרכזים אלו מקלים במידה רבה על הקשיים הפיזיים והכלכליים העומדים בפני הפליטים הפלסטינים הזקוקים לטיפול רפואי.
מאז פברואר 2003 פעלו חמישה צוותי רפואה ניידים בגדה המערבית, באותם אזורים שהושפעו מהסגר, מהמחסומים ומחומת ההפרדה. הצוותים מציעים קשת רחבה של של שירותי בריאות לכ-13,000 מטופלים בחודש ביותר מ-150 מקומות מבודדים.
הגנה על קורבנות האלימות
כארגון הפועל בסביבה המאופיינת בחוסר יציבות, אונר"א מתמודדת עם גלי אלימות בלתי פוסקים, כמו אלו בלבנון ולאחרונה ברצועת עזה.
אונר"א פתחה שירותים חדשים, ובהם טיפול נפשי, פיזיותרפיה ושיקום, במטרה לטפל בתוצאות האלימות.
תכנית הבריאות של אונר"א היא מבוזרת ומסוגלת להתאים את עצמה במהירות לשיקולי ביטחון ולקשיים לוגיסטיים.
רצועת עזה
קרוב ל-1,500 אנשים נהרגו ברצועת עזה במהלך המבצע הצבאי הישראלי המכונה עופרת יצוקה, בין 27 בדצמבר 2008 ל-18 בינואר 2009.
52 מתקנים של אונר"א ניזוקו במהלך הקרבות, ובהם שבעה מרכזי בריאות ומשרד השדה של אונר"א. כתוצאה מהפגזות קשות, נהרס מחסן הסחורות של אונר"א. עלות השיפוצים הוערכה בכ-3 מיליון דולר, ולצורך רכישת סחורה חדשה, שחלקה הגדול היה תרופות, נחוצים כ-3.6 מיליון דולר נוספים.
במהלך הלחימה סיפקה אונר"א מגורים זמניים ליותר מ-50,000 פלסטינים אשר חיפשו מחסה בבתי הספר של אונר"א. אף שאיסורים ביטחוניים הגבילו מאוד את יכולת התנועה של הצוותים, המשיכה אונר"א לספק את שירותי הבריאות שלה, תוך התאמתם לצורכי האנשים שנעקרו מבתיהם ולירידה ברמת התברואה הסביבתית.
הסוכנות המשיכה גם לאחר הקרבות בפיקוח קפדני על מצב הבריאות, כדי להבטיח שלא תפרוצנה מחלות בקרב הפליטים, המהווים קרוב ל-70 אחוזים מן האוכלוסייה ברצועת עזה.
קראו עוד על שירותי בריאות על בסיס מעגל החיים